审计局委托的审计公司无权单方对甲方已确认的认质认价单启动重新审价程序，除非合同明确约定审计有权调整此类价格或存在法定无效、可撤销事由。
该问题的核心在于区分行政审计监督职能与民事合同自治原则。认质认价单系发承包双方在履行合同过程中，就特定材料或工程项目的质量标准与价格达成的合意，属于合同履行行为的一部分，具有法律约束力。审计机关或其委托的审计公司虽负有监督政府投资项目资金使用合规性的职责，但其权限不包括替代合同当事人重新议定已确认的价格条款。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。依法成立的合同受法律保护，仅对当事人具有法律约束力。审计人员若认为认质认价结果存在异常，可要求施工单位说明依据或提供佐证资料，但不得径行否定或调整，更无权擅自启动重新审价程序推翻既有合意。
在相关案例中，法院亦明确指出，即便投标阶段存在不平衡报价，只要合同条款真实合法，审计单位亦应尊重合同约定，不得强制重新组价。同理，对于施工过程中经双方签字确认的认质认价文件，审计机构更应保持克制，避免以行政监督之名干预民事契约自由。
若审计机关确因公共利益或发现重大违法情形需介入，亦应通过法定程序提出异议或建议，而非直接行使定价权。上级审计机关虽有权撤销下级审计结论并重新作出决定，但该权力针对的是审计行为本身，而非合同当事人之间的民事约定。即便审计报告被上级机关撤销，亦不代表原认质认价单失效，除非该认质认价行为本身被依法认定为无效或可撤销。
综上，审计结论不能自动取代合同约定，审计机关及其委托单位无权在缺乏合同授权或法律依据的情况下，对甲方已确认的认质认价单进行重新审价。此立场既维护了合同严守原则，也划定了行政监督权的合理边界，符合诚实信用、意思自治等民法基本价值。
甲方享有依据合同确认材料品质与价格的权利，审计单位负有尊重该权利的义务；若审计单位执意重新审价且无合同或法律支撑，则其行为不具备正当性，可能构成对民事主体意思自治的不当干预。
法律依据：
1. 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条
该条款明确“当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款”，这是审计单位不得随意推翻发承包双方认质认价合意的直接司法解释依据，确立了建设工程价款结算的约定优先原则。
2. 《中华人民共和国民法典》中合同编的核心原则
◦ 合同严守原则：依法成立的合同，对当事人具有法律约束力，当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同（《民法典》第五百零九条），这是审计机关不能单方否定合法有效合同约定的基础。
意思自治原则：民事主体在民事活动中，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系（《民法典》第五条），发承包双方的认质认价属于民事契约自由的范畴，审计机关不得借行政监督之名不当干预。
诚实信用原则：民事主体从事民事活动，应当遵循诚信原则，秉持诚实，恪守承诺（《民法典》第七条），这也是维护双方已达成的认质认价合意的法理支撑。
3. 行政监督与民事契约的边界法理
审计机关的行政监督职能限于对政府投资项目资金使用合规性的监督，其权限不包含替代民事主体重新议定合同价格条款；即便因公共利益或重大违法情形介入，也需通过法定程序提出异议或建议，而非直接行使定价权，这是基于行政权不得滥用、不得干预民事主体意思自治的行政法基本原理。